Также важную роль в развитии The Pirate Bay сыграл шведский бизнесмен Карл Лундстрем (Carl Lundstrom), бывший генеральный директор и главный акционер хостинг-компании Rix Telecom, известный своими симпатиями к неофашистам и пожертвованиями в пользу радикальных националистических шведских партий. Лундстрем начал помогать The Pirate Bay в октябре 2004 года: он закупил серверы и помог оплатить трафик. В 2003 году The Pirate Bay стал первым BitTorrent-трекером в Швеции, однако к тому времени уже успешно функционировали другие трекеры, например, Suprnova. Технология подобных порталов использует протокол BitTorrent, разработанный в 2000 году и впервые внедренный в 2001 году. Протокол BitTorrent предназначен для распределенной передачи файлов между пользователями: каждый пользователь (клиент), скачивая файл по частям, одновременно раздает уже скачанные части другим подключенным клиентам. Чтобы клиенты могли найти друг друга, существуют специальные серверы (трекеры), которые содержат информацию об ip-адресах клиентов, их входящих портах, а также хэш-суммы, определяющие скачиваемые объекты. Таким образом, на трекере не хранятся ни имена скачиваемых файлов, ни сами файлы. Пользователь подключается к трекеру через клиентское приложение скачивая небольшие файлы с расширением «.torrent», которые содержат метаданные о скачиваемом объекте, хэш-суммах его сегментов и трекере.

Впервые защитники авторских прав обратили внимание на деятельность The Pirate Bay в 2004 году: ряд компаний независимо друг от друга потребовали у шведского трекера прекратить распространение объектов их интеллектуальной собственности. Многие из этих писем были опубликованы на сайте The Pirate Bay вместе с ответами, в которых в ехидном тоне владельцы сайта заявляли о том, что ничего прекращать на собираются, и что на их серверах не находится ничего кроме «.torrent»-файлов с хеш-суммами. К 2005 году The Pirate Bay стал не только крупнейшим шведским BitTorrent-порталом, но и одним из самых больших BitTorrent-порталов в мире. В 2005 году Американская ассоциация кинокомпаний (MPAA) провела исследование, в котором был сделан вывод о том, что интернет-пиратство приносит издателям и распространителям кинопродукции ежегодные убытки в размере 7 миллиардов долларов, отмечая, что на долю The Pirate Bay приходится значительный процент общего пиратского трафика. Сходное исследование, проведенное Международной федерацией производителей фонограмм (IFPI), показало, что именно из-за файлообмена доходы звукозаписывающих компаний в 2008 году сократились на 30 процентов по сравнению с 2001 годом.

В 2006 году Швеция приняла новое законодательство по защите авторских прав, которое ужесточило ответственность за компьютерное пиратство, однако в нем по-прежнему не было четко прописано, является ли деятельность BitTorrent-порталов законной или нет. 2 июня 2006 года сайт The Pirate Bay снова заработал на серверах в Нидерландах, а через несколько недель сайт возобновил работу в Швеции, причем, по словам владельца портала, на случай повторения полицейского рейда The Pirate Bay обзавелись запасными серверами в Бельгии и в России. Результаты полицейского рейда оказались неоднозначными: событие привлекло внимание общественности, и посещаемость The Pirate Bay возросла, число пользователей портала превысило 5 миллионов человек, увеличился и объем передаваемой посредством BitTorrent информации. Также возросла численность Шведской пиратской партии: у нее стало больше сторонников, чем у местной партии «зеленых», которая занимала места в парламенте страны. В январе 2007 года, когда после пожара была выставлена на продажу морская платформа в Северном море, на которой находилось непризнанное микрогосударство — княжество Силенд (Principality of Sealand).

В 2007 году сайт The Pirate Bay неоднократно подвергался хакерским атакам. В сентября того года из-за утечки информации из офиса компании MediaDefender, специализировавшейся на защите авторских прав, выяснилось, что эта компания по просьбе своих клиентов нанимала хакеров для проведения атак на The Pirate Bay. Другой любопытный случай произошел в октябре 2007 года: The Pirate Bay получили контроль над доменом IFPI из-за того, что последние забыли вовремя его оплатить. Создатели The Pirate Bay неоднократно высказывались в защиту свободы слова в интернете. В феврале 2009 года начался суд над владельцами The Pirate Bay. Пресса называла его самым важном судом над пиратством за последнее десятилетие. Пресса отмечала, что на этом процессе сторона обвинения выглядела неубедительно и даже не знала принципов работы протокола BitTorrent. 17 апреля того же года суд признал Варга, Сунде, Нейжа и Лундстрема виновными и приговорил каждого из них к одному году тюрьмы. Также они должны будут выплатить штраф в размере 30 миллионов шведских крон, что эквивалентно 3,58 миллиона долларов США.

Основным доводом в апелляции поданной хозяевами The Pirate Bay стало то, что Томас Нордстром (Tomas Nordstrom), судья вынесший вердикт по их делу, состоял в ряде шведских организаций, специализировавшихся на защите авторских прав, и потому являлся заинтересованной стороной в процессе. 30 июня 2009 года стало известно о том, что The Pirate Bay за 60 миллионов крон (7,8 миллионов долларов) приобрела шведская софтверная компания Global Gaming Factory X AB (GGF). Смена владельца состоится в августе 2009 года. Новые хозяева объявили о том, что намерены изменить бизнес-модель портала таким образом, чтобы она приносила авторские отчисления правообладателям. Также стало известно о том, что портал закроет свои собственные трекеры и перестанет хранить на серверах «.torrent»-файлы, передав обе эти задачи пользователям или сторонним серверам. В тот же день он объявил, что пользователям The Pirate Bay придется платить за скачивание: средства от подписчиков и рекламы должны будут пойти на выплату отчислений правообладателям. Еще в конце июля 2009 года появились слухи о том, что GGF не сможет приобрести The Pirate Bay из-за отсутствия собственных средств.