Российская Федерация была членом Совета Европы с 28 февраля 1996 года и до исключения 16 марта 2022 года. 30 марта 1998 года она ратифицировала Европейскую конвенцию о защите прав человека и основных свобод. Тем самым Россия подтвердила свою приверженность идеалам и принципам гуманизма и демократии, а также готовность скорректировать целый ряд законодательных актов, противоречащих положениям Конвенции. С момента присоединения к СЕ Россия подвергалась критике со стороны стран-участниц за ущемления прав человека, войну в Чечне, сворачивание демократических свобод и притеснение СМИ. Вторая чеченская война могла привести к исключению России из СЕ, однако санкции ограничились лишь лишением слова её делегации в Парламентской ассамблее Совета Европы (ПАСЕ) в 2000 году. ПАСЕ настаивал на скорейшей отмене Россией смертной казни, указывая, что это единственный член этой организации, который не выполнил это обязательство. Был установлен фактический мораторий на смертную казнь, но в Уголовном кодексе этот вид наказания до сих пор сохраняется, хотя с 1996 года не было вынесено ни одного приговора о смертной казни. СЕ по различным вопросам (права человека, правовое сотрудничество, борьба с терроризмом и преступностью, культурные, социальные проблемы).
Российские граждане активно пользуются возможностью обращаться с жалобами в Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ). В рамках исполнения предписываемых Судом так называемых «мер общего характера» в российское законодательство и административную практику вносятся существенные изменения. Так, под влиянием ЕСПЧ заметные перемены произошли в российской уголовно-исполнительной системе, идёт работа по реформированию некоторых аспектов судопроизводства, исполнения решений судов. Совет Европы оказывает содействие России в рамках «программ сотрудничества», частично финансируемых Европейским союзом. При штаб-квартире СЕ в Страсбурге действует постоянное представительство Российской Федерации во главе с постоянным представителем Иваном Солтановским. Российский судья в ЕСПЧ — Дмитрий Дедов. Интересы российских властей при рассмотрении Судом дел представляет Уполномоченный РФ при ЕСПЧ Георгий Матюшкин. В 2014 году российская делегация в ПАСЕ была лишена основных полномочий в связи с событиями на Украине и аннексией Крыма Россией. В дальнейшем российским делегатам запретили занимать руководящие должности в ПАСЕ и участвовать в её мониторинговых миссиях. В ответ на эти решения Россия отозвала свою делегацию и с лета 2017 года отказалась платить взносы в бюджет Совета Европы.
В конце 2018 года Россия выдвинула условие, что делегация вернётся лишь после того, как в регламент ПАСЕ будет внесена поправка, запрещающая лишать национальные делегации права голоса во время сессий. Это условие не было выполнено, и Россия в течение трёх лет не участвовала в сессиях ПАСЕ и в течение двух лет не перечисляла взносы в бюджет Совета Европы. В период холодной войны Совет Европы фактически объединял все европейские страны, не входившие в социалистический блок, кроме средиземноморских авторитарных режимов Испании, Португалии и Греции (до их крушения). Решения СЕ и, главным образом, его Парламентской ассамблеи (ПАСЕ) в эти годы выражали позицию западноевропейского сообщества на те или иные проблемы и события, связанные с СССР. Так, регулярно на повестке дня ПАСЕ находились вопросы, касающиеся нарушений прав человека в СССР, особенно свободы слова и вероисповедания, положения советских евреев и немцев, прибалтийских народов, а также преследования правозащитников. ПАСЕ принимала резолюции по ряду событий, имевших значительный международный резонанс, — венгерские события 1956 года, ввод войск Варшавского договора в Чехословакию в 1968 г., ввод советских войск в Афганистан, катастрофа на Чернобыльской АЭС.
Кроме того, ПАСЕ периодически принимала документы общеполитического характера по отношениям между Западом и Востоком. Отношения между СЕ и СССР стали постепенно улучшаться в период перестройки. В 1989 году штаб-квартиру СЕ в Страсбурге посетил Михаил Горбачёв. В своём выступлении перед ПАСЕ он провозгласил лозунг «Европа — наш общий дом», что стало первым шагом на пути вступления России в СЕ. В 1990-1991 гг. СССР присоединился к ряду конвенций СЕ. Документы ПАСЕ этого периода концентрируются на экономических реформах в СССР и других восточноевропейских странах. Постепенно формируется благожелательная атмосфера, принёсшая в итоге вступление в СЕ стран бывшего соцлагеря (1992-1993), а затем и бывших советских республик. 14 января 1992 года Верховному Совету России был предоставлен статус особого гостя в ПАСЕ. Россия вступила в Совет Европы 28 февраля 1996 года. Это был период подготовки к президентским выборам, и вступление в СЕ рассматривалось руководством страны как международное признание правильности проводимого курса. Главным образом они касались ратификации европейских конвенций, приведения законодательства в соответствие с европейскими стандартами и политических взаимоотношений с соседними странами.